Oh Gosh! 變成Dr. 了, 8/1 開始PostDoc 工作。
別寄SOP過來了阿...真的沒時間改

 2014. Nov. update

 

前言:

這邊的內本來是我學習Latex與revtex4-1的紀錄

想說,也許會對未來要寫論文的人有些幫助,

於是就再整理一下放在blog了。

當然,我現在也是個初學者,難免有不週延的地方,請多多包涵。

ps.revtex4-1 是 American Physical Society製作的documentclass(就是指一種文章的格式).

 

 

介紹: 

期刊的文章,都是有很嚴謹的排版格式要求的,

另外不同的學科也會有不同的排版要求,像物理跟數學的paper就長得不太一樣。

一般來說,要寫一篇paper,我們會需要寫以及用到的功能有:

  -- 寫Title
  
  -- 寫authors
 
  -- 寫authors' information (email, affiliation, homepage...)
 
  -- 放圖片
 
  -- 放表格
 
  -- 放equation
 
  -- 放footnote
 
  -- 放reference
 
  -- 放appendix

在APS的論文中還是two column的排版呢,

以上的排版工作,如果有MS word來處理,會搞死人的。

絕大部分的物理學家都是用Latex來寫論文的(不知道有人用tex嗎!)。

 

Latex是個很powerful的排版工具,但它需要花點時間學習,

這就像微積分是個很powerful的工具,但得花個一兩個學期才會搞懂怎麼用一樣。

當開始接觸Latex的人,可能會相當的頭痛。

也因此,陸續有些軟體像是Lyx, texmaker想要降低操作Latex的難度,

而提供使用者更方面的介面。

尤其是Lyx,介面與MS word很像,

一般使用者可以在幾乎完全不會Latex的指令下,享受Latex的功能。

 

 

revtex4-1的麻煩點:

雖然Lyx好用的不得了,但是Lyx對於revtex4-1的格式有部份不支援,

我自己碰過得問題:

1. Lyx 的documentclass選項中,沒有revtex4-1, 你要使用額外的Local layout.

  這個revtex4-1.layout file 可以在這邊下載

  下載後,把rextev4-1.layout放在跟你.tex檔相同的資料夾中,

  開啟Lyx後選local layout,就可以用ctrl+R預覽成品了。

 

 
Preamble
    % Fix a bug in REVTeX 4.1
    \def\lovname{List of Videos}
    \@ifundefined{textcolor}{}
    {%
      \definecolor{BLACK}{gray}{0}
      \definecolor{WHITE}{gray}{1}
      \definecolor{RED}{rgb}{1,0,0}
      \definecolor{GREEN}{rgb}{0,1,0}
      \definecolor{BLUE}{rgb}{0,0,1}
      \definecolor{CYAN}{cmyk}{1,0,0,0}
      \definecolor{MAGENTA}{cmyk}{0,1,0,0}
      \definecolor{YELLOW}{cmyk}{0,0,1,0}
    }

  ps. 這個revtex4-1.layout file中,我把原本內容的這段給刪掉了

  因為,這段碼好像會一直讓編譯失敗

 

2. 作不出revtex4-1要求的作者格式

比方說,有superscript,加上一推affiliation的就做不出來

 

3.作不出revtex4-1的表格

在Lyx中表格的模型

 

但我想要得有的表格是有"雙刪除線"的那種

 

 

解決辦法:

我現在的作法是Lyx與texmaker以起混用,

像是一些equation還是Lyx中處理比較方便。

Lyx可以export它專用的.lyx檔成 .tex檔,然後再到texmaker程式中作微調。

 

比方說:再texmaker中會看到眼花的方程式

 

在Lyx中就顯得好操作多了(上面那團程式碼的成品就是這樣子)

 

 

 本篇的內容:

網路上的Latex教學文件豐富而完整,

在學習的時候通常是先只要基本概念,遇到問題在去細查就好了。

 

這篇文章的重心將放在:

安裝Latex 與 revtex4-1,

還有簡略的一些說明,對於我們上面提到的:

  -- 寫Title, authors ... 放圖片, 表格,...

 

我推薦的reading material

http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX  (這邊的資料非常的豐富!也寫得很淺顯易懂)

The Not So Short Introduction to LATEX2ε 

中文的 (由freePrester製作)

 

 

好~~我們就開始吧

以下,我用Ubuntu 11.10來作說明。

ps...我是用virtualbox, host是windows7, guest是Ubuntu.


SECTION 1: Install Latex and revtex4-1

在Linux下,要使用Latex與revtex,大家推薦的是裝texlive這個package.

安裝的方法很簡單,使用synaptic去安裝很快就ok了

( 找不到synaptic的話,去ubuntu software中尋找加安裝就可以了)

 

open synaptic

 

 

Search"revtex",

Install "texlive-publisher"package

 

 

 

 

 

 

 


 

SECTION 2: Compile the sample tex file.

當你安裝好"texlive-publisher" package之後,

它有附很多sample tex file, 讓我們來看一下關於revtex的sample檔吧,

基本上它的內容就是一個很好的參考資料或者是說範本。

 

它的檔案路徑在:

/usr/share/doc/texlive-publishers-doc/latex/revtex/sample/aps

我們把這些資料copy到個新的資料夾去,然後去玩玩它。

 

比方說,我在桌面新製了個資料夾叫"test_revtex",

然後把檔案都複製過來,接著我解壓縮(.gz的檔案是壓縮檔),

還有我將"apssamp.pdf" 重新命名為"appsamp_backup.pdf"

 

 

讓我們來試試看我們的Latex是否能work吧~

在terminal輸入 (under the test_revtex directory)

latex apssamp.tex

bibtex apssamp

latex apssamp.tex

latex apssamp.tex

(ps. latex 需要complie數次,所以最後兩個指令不是我多寫的,而是需要的)

 

 

 

 

弄好之後,你應該會看到多出了很多檔案

其中"apssamp.dvi"出來了~

那就恭喜你啦,你的revtex4-1可以工作啦。

(當我剛接觸revtex4-1時,光研究要怎麼安裝我就搞了2-3天晚上....)

 

 

 

 

 

 

開啟 apssamp.dvi 使用command:

evince appsamp.dvi &

最後的&要加不加都不會有影響,

那是指另外開啟視窗,然後terminal還可以繼續用。

 

 

 

 

也可以作成pdf file,利用 command:

pdflatex apssamp.tex ; evince apssamp.pdf

在製作pdf的過程中,會出現一些詢問,可按eneter跳過。

 

 

 

 


 

SECTION 3-1: brief introduction -- Preamble

 

在.tex檔中,在文章開始之前,也就是\begin{document}之前,會有一段preamble,

那是設定documentclass與usepackage用的。

以下是我的設定:

"%" 的符號代表註解

另外這是用gedit開起.tex看到的樣子,color code與texmaker會有些不同。

這邊的參數

aps, 是指 american physics soceity的規定

prc: physics review C 期刊的格式

( prl: physic review letter 期刊的格式)

 

twocolumn: 兩行的模式; 用於最後出版的

preprint: 單行模式; 用於peer-reviewing 比較好檢查錯誤

 

APS 還有寫好給 .bib 檔案(reference file)的style,

名為apsrev4-1.bst檔  (bst: bibliography style )

你只要要把apsrev4-1.bst 這個檔案放在相同的資料夾下,

在於打上下面這幾個字就可以了。

\bibliographystyle{apsrev4-1} 

 

 


 

SECTION 3-2: brief introduction -- Authors, and Authors' information

 

在paper的最開始,最先的工作就是要放入基本資料了,這些資料也叫做Top matter.

Lyx在這部份作不出revtex4-1的格式,建議使用texmaker.

 以下是我的設定:

 

 

 

成品(pdf):你看superscript自動出現了

 

 下面是email, homepage等等: 

在revtex4.1

\author{A}

\author{B}

\affiliation{ XXX university}

這樣的話 author A 與 B就會被group 在同一個 affilliation之中了。

 

另外兩個實用的element是 emailaltafilation

比方說

\author{A}

\email[ current email]{  OOO@gmail.com}

% [ ] 之內是放description, {} 之類是放value, like email address.

% 在頁面最下之處就會顯示出 作者A的email

 

\author{B}

\altafiliation{ present: UK}

% 是 alt + affiliation的意思,比方說某個作者畢業了,去新的地方工作,

% 那這資訊就可以放上去。

 

\date{\today}

 % 會顯示日期,一般都是預設用today, 系統會自動顯示時間。

 


 

SECTION 3-3: brief introduction -- abstract

 

結構是:


\begin{abstract}

寫你想寫得內容...
ADB%#HSHWT...

\end{abstract}

 

下面是我的example

 

 

成品:

 

至於那個PACS不是你要填的,而是editor寫的,所以先劉者。。

 

在abstract結束後,還有個 \maketitle 的指令,

它是用來告訴Latex, 我們的title, author, date的設定都在上面完成了。

ps. The \maketitle command generates a title on a separate title page - except in the article style, where the title normally goes at the top of the first page.

 


SECTION 3-4: brief introduction -- structure

 

簡單的說大概長成這樣:

 

\documentclass[]{revtex4-1}
\bibliographystyle{apsrev4-1}

 

\begin{document}

  \author{xination}
  \affiliation{ XXX university}
  \date{\today}

  \begin{abstract}
  \end{abstract}
  \pacs{}
  \maketitle

 

  \section{這是第一段}
    \subsection{還可以在細分}
    \subsection{還可以在細分}

  \section{這是第二段}
    \subsection{還可以在細分}
    \subsection{還可以在細分}

  \section{我是第三段}
    \subsection{還可以在細分}
    \subsection{還可以在細分}

  \begin{thebibliography}
  \end{thebibliography}

\end{document}

 

 

 

另外Figure, Table, Eqation也是這樣的唷:

ex.

\begin{figure}
...一堆設定
\end{figure}

 

or


\begin{table}
...一堆設定
\end{table}

 

 


SECTION 3-5: brief introduction -- label

 

\label的功能我們常常看到唷。

比方說" Please refer to the Fig. IV.... Please see the Table II...., Please read P. 201..."

 

在Latex中的使用方法是:

先設定label, 在用ref

其中\ref{}的部份會被Latex給取代,換成數字或者

而\pagerref則會顯示頁數等等。

 

Section I

This is a string.\label{just a test string}

 

OK show me \ref{just a test string}.

在預設下會用section當作category,\ref{just a test string}會顯示 [I]

 

我們可以標示category, by fig(for figure), tab(for table), eq(for equation)

\label{fig: pie chart}

\label{fig: scatter chart}

\label{eg: Schrodinger equation}

這樣fig, table, eq 都會有各自的running index.

 

 

詳細的說明可以看在http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Labels_and_Cross-referencing

 

這邊只做很簡單的介紹:

my example:

 

成品:

如果要讓label 運作正常,必須編譯兩次,第一次會出現???,那是正常的。

 

 

 

 

 


SECTION 3-6: brief introduction -- Citation and Reference

 

這邊先談最簡單、Latex內建的reference system

也就是embed reference in your .tex file.

更詳細的內容可以閱讀:http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Bibliography_Management

 

通常reference的位置都放在document的最後面

  \begin{thebibliography}
  \end{thebibliography}

\end{document}

 

它的基本語法為:

\begin{thebibliography} {9}


  \bibitem{自己填的keyword1} C. Thibault, R. Klapisch, C. Rigaud, A. M. Poskanzer, R. Prieels, L. Lessard, and W. Reisdorf, Phys. Rev. C {\bf 12}, 644 (1975).


\end{thebibliography}

ps. {9}不是很重要,它是控制width的

 

 

 

要引用的時候,只要輸入 \cite{自己填的keyword1}就可以了

The XXX experiment discovered OOOO \cite{自己填的keyword1}.

 

example:

 

 

另外個比較多人使用的方法是用 .bib file, 也就是external reference file.

我們把reference 與本文分出來,放在專屬的.bib上。

 

一般期刊都會自己提供好bib的內容,

 

 

複製好貼上.blb file (他是個純文字檔)

 

在這個example中,他的keyword, 預設是PhysReV.90.032501

在使用上,同樣用 \cite{PhysReV.90.032501}就可以了。

我們不在使用 "the bibliography"的environment

 

\begin{thebibliography}

\end{thebibliography}

 

而是改用呼叫external .bib file.

\bibliography{your bib file} 

如果你的檔名是paper.bib,填入的是\bibliography{paper}  不用加副檔名。

 

 

注意,使用external bibtex的時候,一定要編譯bibtex

latex apssamp.tex

bibtex apssamp

latex apssamp.tex

latex apssamp.tex

 不然是會有問號出現的唷

 

subsection A: using bibtex under Lyx

Lyx 下都是圖形界面的,按一按就可完成設定。

我們在 menubar上的 Insert, 下拉選單中找到 List/TOC ( table of cotent)

在選單中找到 BibTex Bibliography

就可以插入reference list了,就像是一篇paper最後的reference部分。

2014-11-03_132756

 

 

Lyx 會詢問你 Databases and style for .bib file.

首先按 Add

2014-11-03_132811

 

Then 用Browse找出你自己存取的.bib file.

2014-11-03_132826

 

APS 有提供他們style file for .bib file; apsrev4-1.bst

2014-11-03_132853

 

 

設定好了上面之後,要insert citation只要按個小圖示就好了。

2014-11-03_132918

 

還有一個最後顯示上的小細節,在Document settings中 使用下面的設定。

2014-11-03_134232

 

 

 


 

SECTION 3-7: brief introduction -- insert picture

圖片的插入有兩種,一種叫float,就是位置可以允許Latex程式幫你判斷,

然後Latex會幫你插入在最適當位置,尤其你圖檔比較大two column會有問題時,

用float比較方便。

另一種是固定式的,也就是你叫圖片一定要出現在安排的位置。

 

這邊只簡介float的方式

更詳細的說明可以看:http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Floats,_Figures_and_Captions

 

 

它的基本語法為:

\begin{figure*}
\begin{center}

  \includegraphics[scale=.5]{file_path}
  \caption{}
  \label{}

\end{center}
\end{figure*}

 

{figure*}是給two column格式時用的,

scale是指要將原圖縮放的比例。

關於file path,比方說在你的tex檔的資料夾中,

你可以建立的figures的資料夾,然後把圖檔都放在裡面。

若你有個 abc.jpg 的圖檔

then file_path就是 figures/abc.jpg

也就是\includegraphics[scale=.5]{figures/abc.jpg}

 

通常 label 會放在 \caption{}之中,

像是caption{\label{fig:demo} the title of this figure.}

 

 

我的小小example

 

 

在Lyx中要使用float figure的話:

1) 先按insert->float->figure.  這樣會出現 float的environment,

用原始碼會是下面這樣:

\begin{figure*}
  \caption{}
\end{figure*}

 

2) 先將滑鼠點到caption之外的地方,用下面的圖例表示,

就是Figure 4這幾個字的前面,插入圖片。

2014-11-21_233312

 \begin{figure*}
   \includegraphics[scale=.5]{demo.png}
   \caption{this is tile}
\end{figure*}

 

3) 最後在全選框框裡面的東西,按右鍵用paragraph settings讓東西都置中

\begin{figure*}
\begin{center}

    \includegraphics[scale=.5]{demo.png}
    \caption{this is tile}

\end{center}
\end{figure*}

 

 

 


SECTION 3-8: brief introduction -- table and footnote

 

table的設計比較複雜,若有合併儲存格、形狀特殊的表格,那又更加麻煩了。

建議先在Lyx中設計出表格的架構,在把原始碼貼到texmaker去編輯。

或是參考 excel_to_latex 的plugin

 

這邊簡單介紹float的table,

更詳細的內容可以看:http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Tables

 


基本語法

& 為column separator

\\ 為  start new row

\hline  為horizontal line

ps. "\," 為小小的space,是為了fine tune用的。

ps. "~ "也是space,為了fine tune用的。

 

 

example1

\begin{tabular}{ l c r %靠齊; l代表left, c代表center, r代表right
  1 & 2 & 3 \\
  4 & 5 & 6 \\
  7 & 8 & 9 \\
\end{tabular}
    

note: tabular 是用來控制 element 靠左、置中、靠右的。

比方說 \begin{tabular} {lcr} 

lcr 代表:

第一column中的elment靠左,

第二column中的elment置中,

第三column中的elment靠右。

 

 

 

 

example2

\begin{tabular}{ l | c || r | } %加了 pipe line "|" 就可以有solid line.
  1 & 2 & 3 \\
  4 & 5 & 6 \\
  7 & 8 & 9 \\
\end{tabular}
   

 

 

 

 

 

example3

\begin{center}  % 把表格置中
\begin{table}
\begin{tabular}{c c c}
  \hline    
  \hline
  A & B & C\\      
  \hline       
  1 &~~~~2~~~~~& 3 \\
  4 & 5 & 6 \\
  7 & 8 & 9 \\
  \hline
  \hline
\end{tabular}  \label{tab:number}
\end{table}
\end{center}

 

 

 

 

 

 

在表格中,常常會看到出現footnote

這個語法很簡單,只要用\footnote就可以了

my example:

 

note: ruledtabular 是用來加入 double line的,他會自動出現在表格的最上與下方。

是在APS 期刊上經常使用的。

 

 

 

如果要在多個地方用同一個footnote.

ex.

term1a

term2a

term3b

term4b

 

要使用的footmaker, see following.

 

term1\footnote{ wowowow}

term2\footmaker[1]

term3\footnote{ hahahaha}

term4\footmaker[2]

 

 

 

 

 

table 太寬,就得用跨欄的方式,要使用float。

\begin{table*}
\end{table*}

2014-11-21_234614

 

 

還有像是excell儲存格合併,or跨欄置中的效果也是可以做到的。

2014-11-21_235615

使用 \multicolumn{2}{|c|}{AAAA} &  B  &  C \\

 


SECTION 3-9: brief introduction -- equation

 

equation的說明在很多地方都有,這邊列出常見的math symbol.

在inline模式下是用$(some math)$

上下標:

Ax  in latex:  $A_{x}$

Ax in latex:   $A^{x}$

 

Greek letter:

in latex: $\alpha$

in latex: $\beta$

 

You can also try the Online LaTex editor: check it.

進階: super long equation如何放入two column的格式中。

 

打equation的話,我建議是到Lyx去打,

然後如果需要可以剪下他的code貼到texmaker上,尤其是複雜的。

 

 

\begin{eqnarray}\label{eq:strange equation}

G^{k}\centerdot F_{k}=\left\{ \underset{a\neq b}{\sum}\left(\begin{array}{c}
5\\
a
\end{array}\right)\centerdot\left(\begin{array}{c}
7\\
b
\end{array}\right)\right\} \centerdot A_{i}^{5}\centerdot\sqrt{\pi^{3/2}}\nonumber\\
\times \int\int y^{2}\sin\left(x\right)dxdy+\theta\centerdot\frac{\partial}{\partial x}T(x,y)
\end{eqnarray}

 

首先別忘記要放package:

\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}

 

\begin{eqnarray}
\end{eqnarray}的環境下,是會幫equation給標號的。

當使用 \\ 來分段時,會變成兩個方程式,也就是會有equation (1), equation (2)。

我們得使用 \nonumber\\來分段

下面就

 


SECTION 4: 結語

洋洋灑灑寫了這麼多,希望能對為來也要查詢Latex資訊的人能有些小小貢獻。

我寫累了,就寫到這邊吧。之後有空在慢慢補充。

 

對了。還有15分鐘就12/25日了

Merry Christmas~~~

 

 

 


 

Appendix:

Lyx的教學影片

安裝篇

 

Lyx基礎的操作

 

 

 

 

 

 

 

xination 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(2) 人氣()


留言列表 (2)

發表留言
  • Louis Yang
  • LyX 真的很方便,只可惜對 REVTex格式 的支援不夠
  • 訪客
  • 之前準備GRE就看你的文章, 好懷念的部落格喔!!
    (不過都是些痛苦的記憶XD)
    想不到現在查latex指令, 發現原來X大還有寫教學!!
  • welcome back~

    xination 於 2014/12/04 08:31 回覆